Setelah keduanya berada di dalam perahu, dan perahu itu meneruskan perjalanannya membelah laut dengan membawa para penumpang yang dimuatnya, tiba-tiba lelaki itu mengeluarkan sebuah pahat dan palu miliknya. Lalu ia menuju ke salah satu bagian dari perahu itu dan memahatnya hingga melubanginya. Sesudah itu ia mengambil sebuah papan dan menutupi bagian yang berlubang itu, lalu ia duduk di atasnya untuk menutupinya (agar jangan kemasukan air). Musa berkata kepadanya setelah melihatnya melakukan suatu perbuatan yang membahayakan itu: “Mengapa kamu melubangi perahu itu yang akibatnya kamu menenggelamkan penumpangnya? Sesungguhnya kamu telah berbuat sesuatu kesalahan yang besar.” Dia (Khidir) berkata, “Bukankah aku telah berkata bahwa sesungguhnya kamu sekali-kali tidak akan sabar bersama dengan aku?” Musa berkata, “Janganlah kamu menghukum aku karena kelupaanku dan janganlah kamu membebani aku dengan sesuatu kesulitan dalam urusanku.” (Al-Kahfi: 71-73)
Maksudnya, janganlah kamu menghukum aku karena kealpaanku terhadap apa yang telah aku janjikan kepadamu. Kemudian keduanya melanjutkan perjalanan setelah keluar dari perahu itu, hingga sampailah keduanya di suatu kampung; mereka melihat sejumlah anak-anak sedang bermain-main di bagian belakang kampung itu. Dia antara anak-anak terdapat seorang anak yang penampilannya sangat tampan lagi mewah dibandingkan dengan teman-temannya, dan anak itu kelihatan cerah sekali. Maka laki-laki itu menangkap anak tersebut dan mengambil sebuah batu, lalu batu itu dipukulkan ke kepala si anak hingga pecah. Ternyata laki-laki itu membunuh anak tersebut. Melihat pemandangan yang kejam itu Musa tidak sabar lagi, karena seorang anak yang masih kecil lagi tidak berdosa dibunuh dengan darah dingin. Musa bertanya: Mengapa kami bunuh jiwa yang bersih. (Al-Kahfi: 74) Yakni anak yang masih kecil. “bukan karena dia membunuh orang lain? Sesungguhnya kamu telah melakukan suatu yang mungkar.” Khidir berkata, “Bukankah sudah kukatakan kepadamu bahwa sesungguhnya kamu tidak akan dapat sabar bersamaku?” Musa berkata, “Jika aku bertanya kepadamu tentang sesuatu sesudah (kali) ini, maka janganlah kamu memperbolehkan aku menyertaimu, sesungguhnya kamu sudah cukup memberikan uzur kepadaku.” (Al-Kahfi: 74-76) Yaitu keadaanku kalau bertanya lagi tidak dapat dimaafkan. Maka keduanya berjalan; hingga tatkala keduanya sampai kepada penduduk suatu negeri, mereka minta dijamu kepada penduduk negeri itu, tetapi penduduk negeri itu tidak mau menjamu mereka, kemudian keduanya mendapatkan dalam negeri itu dinding rumah yang hampir roboh. (Al-Kahfi: 77)
Lalu Khidir merobohkan dinding itu dan membangunnya kembali, sedangkan Musa gelisah melihat apa yang dilakukan oleh temannya ini yang memaksakan diri untuk kerja bakti. Musa tidak sabar lagi, lalu memprotesnya: Jikalau kamu mau, niscaya kamu mengambil upah untuk itu. (Al-Kahfi: 77)
Dengan kata lain, Musa mengatakan, “Kita telah meminta mereka supaya memberi makan, tetapi mereka tidak memberi; dan kita telah meminta kepada mereka supaya menjamu kita sebagai tamu, tetapi mereka menolak. Kemudian kamu bekerja tanpa imbalan jasa. Jikalau kamu mau, niscaya mendapat upah dari kerjamu ini dengan memintanya.” Khidir berkata: Inilah perpisahan antara aku dengan kamu. Aku akan memberitahukan kepadamu tujuan perbuatan-perbuatan yang kamu tidak dapat sabar terhadapnya. Adapun bahtera itu adalah kepunyaan orang-orang miskin yang bekerja di laut, dan aku bertujuan merusakkan bahtera itu karena di hadapan mereka ada seorang raja yang merampas tiap-tiap bahtera. (Al-Kahfi: 78-79)
Menurut Qiraat Ubay ibnu Ka’b disebutkan safinatin salihatin (dengan memakai sifat, yang artinya perahu yang baik). Dan sesungguhnya aku (Khidir) melubanginya agar si raja itu tidak mau mengambil perahu ini. Dan ternyata perahu itu selamat dari rampasan si raja, saat si raja melihat bahwa perahu itu telah cacat.
Dan adapun anak itu, maka kedua orang tuanya adalah orang-orang mukmin, dan kami khawatir bahwa dia akan mendorong kedua orang tuanya itu kepada kesesalan dan kekafiran. Dan kami menghendaki supaya Tuhan mereka mengganti bagi mereka dengan anak lain yang lebih baik kesuciannya daripada anaknya itu dan lebih dalam kasih sayangnya (kepada ibu bapaknya). Adapun dinding rumah itu adalah kepunyaan dua orang anak yatim di kota itu, dan di bawahnya ada harta benda simpanan bagi mereka berdua, sedangkan ayahnya adalah seorang yang saleh; maka Tuhanmu menghendaki agar mereka sampai pada kedewasaannya dan mengeluarkan simpanannya itu, sebagai rahmat dari Tuhanmu; dan bukanlah aku melakukannya itu menuruti kemauanku sendiri. (Al-Kahfi: 80-82) Artinya, semuanya itu kulakukan bukan atas kehendak diriku sendiri. “Demikian itu adalah tujuan perbuatan-perbuatan yang kamu tidak dapat sabar terhadapnya.” (Al-Kahfi: 82) Ibnu Abbas mengatakan bahwa yang disimpan itu tiada lain dalam bentuk ilmu.
Al-Aufi telah meriwayatkan dari Ibnu Abbas, bahwa setelah Musa dan kaumnya berhasil menguasai negeri Mesir, maka Musa menempatkan kaumnya di negeri Mesir. Dan setelah mereka menetap di Mesir, Allah menurunkan wahyu (kepada Musa), “Ingatkanlah mereka pada hari-hari Allah.” Maka Musa berkhotbah kepada kaumnya dan menyebutkan kepada mereka kebaikan dan nikmat yang telah dilimpahkan oleh Allah kepada mereka. Musa juga mengingatkan mereka akan hari yang pada hari itu Allah menyelamatkan mereka dari Fir’aun dan para pembantunya. Musa mengingatkan pula akan kebinasaan musuh mereka dan Allah menjadikan mereka sebagai penguasa di bumi.
Musa berkata, “Allah telah berbicara secara langsung dengan Nabi kalian, dan memilihku sebagai kekasih-Nya dan dijadikan-Nya diriku me-cintai-Nya, serta Dia menurunkan kepada kalian dari semua apa yang diminta oleh kalian. Nabi kalian adalah orang yang paling utama di bumi ini. Dan kalian dapat membaca kitab Taurat, maka tiada suatu nikmat pun yang telah diberikan oleh Allah kepada hamba-hamba-Nya melainkan kitab Taurat menyebutkannya kepada kalian.”
Seseorang lelaki dari kalangan Bani Israil berkata, “Hai Nabi Allah, memang kami telah mengetahui apa yang kamu katakan itu, tetapi apakah di muka bumi ini ada seseorang yang lebih alim daripada engkau?” Musa menjawab, “Tidak ada.”
Allah mengutus Malaikat Jibril kepada Musa a.s. untuk menyampaikan bahwa sesungguhnya Allah telah berfirman, “Tahukah kamu, di manakah Aku meletakkan ilmu-Ku? Tidaklah seperti yang kamu duga, sesungguhnya Aku mempunyai seorang hamba yang tinggal di pantai laut, dia lebih alim daripada kamu.”
Ibnu Abbas mengatakan bahwa hamba yang dimaksud adalah Khidir. Lalu Musa meminta kepada Tuhannya agar sudilah Dia mengenalkan lelaki itu kepadanya. Allah menurunkan wahyu kepadanya (seraya berfirman), “Datanglah ke laut, karena sesungguhnya kamu akan menjumpai di tepi pantai seekor ikan. Ambillah ikan itu dan serahkanlah kepada muridmu (untuk membawanya), kemudian tetaplah kamu berjalan di pantai itu. Apabila kamu lupa akan ikan itu dan ikan itu lenyap darimu, maka hamba saleh yang kamu cari itu ada di tempat tersebut.”
Setelah Musa berjalan cukup lama hingga ia merasa letih, maka ia meminta kepada muridnya bekal makanan yang dibawanya, yakni ikan itu. Maka muridnya berkata kepadanya: Tahukah kamu tatkala kita mencari tempat berlindung di batu tadi, maka sesungguhnya aku lupa (menceritakan tentang) ikan itu dan tidak adalah yang melupakan aku untuk menceritakannya kecuali setan. (Al-Kahfi: 63) . Yakni untuk menceritakannya kepadamu. Ia berkata, “Sesungguhnya aku melihat ikan itu pada saat ia mengambil jalannya di laut membentuk liang. Sungguh sangat menakjubkan.”